Lo mismo da siempre y cuando este bien configurado, lo unico que te puede pasar esque el programa se te quede colgado si dejas de alimentarlo mientras debugueas o cosas asi y tienes que tener cuidado, no vaya a ser que el micro se quede en un estado sin reversion, es decir, cuidado si estas tocando la memoria o cosas asi.
En una maquina que hice industrial que iba a estar manejada por personal poco cualificado, estuve put*andolo de todas las maneras posibles para intentar romperlo, quitando la alimentacion de golpe, desenchufando el usb para perder comunicacion con el ordenador, etc. y nunca tuve problemas de que se rompiera el micro. Tambien hay que decir que tenia muchos sistemas de seguridad por hadware y software pero bueno.
