En tal caso yo mejor buscaría un USB host capaz de controlar dispositivos USB con formato NTFS en Hi-Speed. Estar conmutando de Compact Flash cada 4GB es complejo.
Noo te entendí bien me parece migsantiago, el dispositivo usa CF y eso no lo puedo cambiar, y la velocidad de lectura escritura es CLAVE, tanto que el USB2.0 se queda muy por debajo de lo que necesito (40MB/s), algunas memorias CF Extreme llegan a esa velocidad (igual voy a estar limitado al usar el lector para pasarlo al disco, pero la velocidad es más crítica del lado del dispositivo que graba).
Hola, entonces no te queda otra que manejarlo de la manera que propones. La CF soportan varios metodos de conexión ( True-Ide, Memory Map y creo que hasta SPI ) deberias averiguar cual es el conexinado utilizado y en base a eso armar una lógica con buffers y multiplexores y de alguna manera switchear las operaciones.
Es necesario saber el funcionamiento interno del dispositivo y del lector? yo había imaginado algo como esto:

O sea, una "conexión" y "desconexion" a los dispositivos nada mas, no necesito en principio controlar nada.
La idea básicamente es reemplazar a lo que haríamos manualmente, es decir, manualmente yo sacaría la CF del grabador, y la enchufaría en el lector, es básicamente eso, pero no estoy seguro de como hacerlo

Te comento esto porque de las dos maneras posiblemente el firmware del dispositivo tenga en RAM ciertas variables que apuntes a esa CF, al cambiarlas asi de prepo todo se iria al diablo, posiblemente la operación de cambio te obligue a hacer un desmonte/monte de la CF.
Si, tenes mucha razón, no lo había pensado, pero de todas formas para no complicarla podría hacer esto manualmente tambien, es decir, puedo apagar el dispositivo y el lector, hacer el switcheo de memorias, y volver a encenderlos.
El gran problema es que el grabador y el lector van a estar algo separados, y el acceso al grabador es bastante complicado, por lo que ir hasta el grabador a cambiar las memorias (que para colmo son muchos dispositivos y de dificil acceso) es un problema.
Supongo otra solución bastante menos inteligente pero más simple sería hacer "alargues", es decir, que del grabador salgan una especie de alargue que me permita conectar la CF cerca de la PC (que es donde va a estar el operario), en ese caso tal vez podría hacer el mismo el cambio de las memorias. Pero tenía dos temores con esta solución:
1) que las memorias al ser "enchufadas" y "desenchufadas" tantas veces, se dañen los pines o algo
2) que el alargue desde el grabador hasta la memoria (serian unos 3 o 4 metros) baje la velocidad de escritura que es crítica, o peor, genere errores de escritura.