Lo más sencillo es utilizar los scripts que ellos mismos te proporcionan para cumplir con sus requerimientos.
+1. Y sino lo arreglas hasta cumplir los requerimientos 
Bien, he aplicado los scripts de la página de seeedstudio y he corregido muchos errores, me quedan los siguientes:
-Clerance: Se dá en un componente del que hice yo la libreria.
-Drill Distance: Se dá en las vias que he colocado en los componentes pasantes. Quiero colocarlos por la capa BOTON, y soldarlos por TOP, por eso puse las vias.
-No Vector Font: Aparece en unos nombres que he puesto en TOP y BOT (fecha, iniciales, etc).
-Overlap: En algunas vias que unen pistas TOP y BOT, y en el componente creado por mí.
-Width: En mi componente.
Adjunto el diseño, si haceis el favor de echarmelo un vistazo, para ver si puede ser válido el diseño para enviarlo, mejor enviarlo bien a la primera que corregir despues.
Gracias por todo. Saludos.