Hola, no sé cómo activar el modo de comparación en MPLAB X. Lo he usado para unificar códigos (merge) en Harmony y ahí muestra las diferencias.
Un tip... debes usar Mercurial (control de versiones) e ir guardando tus cambios con Commit. Si quieres ver qué cambiaste de una versión a otra, le das Diff. Esos menús se abren dando click derecho en el proyecto y luego Properties.
Jamás lo he usado en MPLAB X, pero debe ser idéntico a la versión en consola o a la GUI del Tortoise HG.
Si necesitas otra forma de comparar código, investiga sobre el programa Beyond Compare.
Saludos.