Yo si tengo que hacer algo complejo, encargo directamente el PCB. Me compensa más pedir el PCB, que montar todo ese fregado en una protoboard, aunque luego el PCB no sirva y lo tenga que tirar a la basura, son tan baratos en los chinos que vale la pena, ganas un montón de tiempo y no terminas de los nervios con tanto cablecito.
La protoboard solo la uso para pruebas sencillas, para conectar módulos a una placa entrenadora tipo Explorer 16 o Discovery. Y si necesito SD card o pantallas, los tengo en módulos directamente conectables a los puertos de expansión de la Explorer 16, o cableo de la Discovery a una protoboard.
Ni "jarto vino", montaría todo eso en una protoboard.