Leyendo todos tus mensaje Palarcom, nos no expecifica muy bien como hace tus pruebas, pero debo decirte algo, aunque la bateria tenga 7Amp eso no quiere decir que te aguante todos tus circuitos. yo he tenido el mismo problema con una Fuente conmutadas de 12 voltio y 80 Amp en un Amplicador y a darle potencia la Fuente me daba pico de voltage, cosas que soluciones poniento un monton de Condensadores Electrolitico y el problema se soluciono.
ha hecho prueba con otras Fuente? para salir de dudas!!! yo lo que haria es probar parte por parte y buscar el problema, ojo tambien con el regulador de 5 voltio para el Arduino, que aunque te de 5 voltio te puede dar las señales que envie pulsaciones, en este caso yo pondria 2 o 3 y probaria su comportamientos. espero que tu circuito tenga condensadores de 100nf y varios.
Saludo