Respecto al Eagle, rutear a 4 capas no tiene nada diferente de un pcb de 2 caras. Lo primero te vas a tools->drc-> layer y en setup pones: (1*2*15*16)
eso indica a eagle que el pcb va a tener 4 capas (siendo la 2 y la 15) las interiores con vías pasantes de lado a lado del pcb.
La configuración más habitual es usar los dos capas externas para pistas de señal y las dos internas para los planos de tierra y alimentacion.
Señal -- plano alimentación --- plano alimentación -- Señal
Si usas las dos externas para los planos pues tienes que hacer una vía para cada pad de componentes, además los propios pads de los componentes romperían la continuidad de los planos, por lo que para 4 layers lo mejor suele ser usar los dos internos para los planos.
Ruteas el pcb de forma normal y donde haya una tierra o una alimentación metes una vía (o varías si la corriente es alta) con el nombre de "gnd" o "alimentación que corresponda".
Al final en las capas 2 y 15 haces polígonos, si solo vas a usar un mismo plano de tierra para todo pues en la capa 2 por ejemplo metes un polígono y le llamas gnd, ese plano te unirá todas las vías conectadas a tierra en tu pcb.
En la capa 15 haces los planos de Vcc, aquí puedes tener varios plano si tienes alimentaciones de distintos voltajes, cubriendo cada plano la zona donde está ese voltaje.
Respecto a la frecuencia que dices parece múltiplo de los 25 MHz, pero el ancho de banda de una señal no depende solo del reloj de esa señal, si no de el tiempo de los flancos de bajada y de subida de dicha señal.
El ancho de banda de una señal en una aproximación puedes decir que es igual a 0.35/ (tiempo de subida o de bajada), por lo que una señal que puedes considerar como lenta, pues puede tener una componente frecuencial alta si sus tiempos de subida son pequeños, en muchos micros puedes configurar el "drive strength" de sus pines lo que afectará también a esos tiempos de subida/bajada de la señal y otras propiedades de ésta.
Lo mejor para intentar pasar esto es tomas los recomendaciones del .pdf citado (4 capas es necesario pero aún así tienes que prestar atención a todas las recomendaciones), y cruzar los dedos para que pase la prueba.
El problema lo tienes en que si le haces un pcb de 4 layers y no pasa las pruebas, pues te lo volverá a exigir el cliente. Por lo que el requisito de certificación te lo debería dar al principio del diseño, ya que en función del tipo de pcb que sea pasar la certificación puede ser complejo (hay que tener conocimientos en el tema e instrumentación adecuada), y a no ser que seas experto en estos temas, podría incluso no interesarte hacerlo o el presupuesto del diseño puede cambiar totalmente.
Además cada prueba para certificar es costosa.
Te pongo un ejemplo de un pcb en eagle de 4 capas que me ha llegado hace dos días,
no lo tomes como referencia para emc (ni como buen ejemplo
) ya que es un pcb para un proyecto mio hecho rápido que no tiene que pasar ninguna certificación. También es conveniente dejar espacio entre los planos y el borde de la placa, o coser los bordes de la placa con vías. Vamos echale un ojo al .pdf.
Capa superior: señal + plano te tierra.
Capa interior 2: plano de tierra continuo con un pequeño recorte del plano de tierra analógico. Si quieres proteger los planos de los cristales también es conveniente hacerlos un "moat", debajo del conector ethernet si éste lleva transformadores no metas planos de tierra.
Capa interior 15: planos de alimentación, uno por cada voltaje diferente ruteado en la zona donde está ese voltaje.
Capa inferior: señal y plano de tierra. Ethernet con pares diferenciales y resistencias de terminación al final del conector.
