Lo de los polígonos que no se pisen uno a otro es como dices, con la opción Rank, el polígono de rank menor se dibuja sobre el de rank mayor.
Si quieres hacer una zona sin cobre en medio de un plano, puedes hacer un polígono, y en la opción polygon pour seleccionas cutout, ese poligono vacía de cobre la zona.
Lo de los polígonos en eagle es sencillo, cuando tienes polígonos uno encima de otro tienes que definir el rank, y usar la opción cutout para hacer polígonos de zonas sin cobre.
Los dos pads de mi conector ethernet del chasis están unidos mediante una línea azul en la cara inferior (línea que sigue el contorno del conector) y unidos a la tierra del pcb a través de una ferrita en la cara superior. Vamos no sigas mi pcb al pie de la letra, ya que está ruteado en una tarde ya que es para mi, solo era para ponerte en eagle el ejemplo de los 4 planos. Debajo del conector ethernet no pongas ni planos ni pistas, ya que hay un transformador y por tanto habrá un acoplamiento electromagnético.
Cuando quieres separar planos de tierras, lo que haces es dibujar un pequeño foso en ellos y unirlos al plano principal en solo un punto. Éste pequeño foso ha de estar en todos los layers de tierra que estén debajo del plano de tierra, ya que si lo pones en un layer y en otro no, entre los dos layers que tienen planos hay un acoplamiento capacitivo y por tanto puede "pasar" la señal de uno a otro. Para el foso puedes usar tRestrict y bRestrict como dices.
Suelo panelar los pcbs a mano, una vez que se coge prática no se tarda más de 10-20 min. Si son muchos pcbs dentro del panel, lo que se hace es dibujar el pcb con su contorno con los "mouse bits". y luego cuando copias y pegas el pcb para panelar ya copias los "mouse bits". Yo el proceso de panelar no lo veo laborioso, solo hay que dibujar el pimer contorno del pcb y luego unir con una línea de la capa dimension que se hace rápido.
El ejemplo que pones del layer 3 con un plano de power rodeado de planos de tierra a mi no me gusta, como dice KILLERJC en alta frecuencia los planos de referencia están unidos (hasta cieta frecuencia) a través de los condensadores de desacoplo, por lo que no tiene sentido meter discontinuidades en un plano continuo, lo único que haces es poder incrementar el camino de retorno, loop de la corriente, y por tanto incremetarás las emisiones electromagnéticas.
Y más importante, si tienes un plano continuo de Vcc y otro de tierra, esos dos planos forman un condensador, éste va a ser el condensador que "más rápido" va a responder en tu pcb, ya que su ESR e inductancia es mínima, y tener este condensador formado por dos planos grandes de alimentación es importante.
Esto del ruteo de pcbs no es nada simple, y hay opiniones de todo tipo, algunos dicen que es mejor solo un plano continuo de tierra, otro que varios planos en función de las distintas partes del circuito, etc.. vamos yo no soy experto en el tema para discernir cuál es la mejor opción (todo lo de arriba lo hablo de memoria, por lo que me puedo equivocar), ya que es todo física y campos electromagnéticos, guías de ondas, etc.. y el tema puede ser complejo.
