Yo hago lo siguiente:
1- Si el componente es de facil soladura (cap, resit, cristales, etc) hago los footprint multilayer
2- Si el componente es imposible soldarlo por la Top (intergrados con zocalo, conectores, etc) hago los footprint bottom
3- Hago el PCB y donde hay pads bottom, le coloco un pad free igual en diametro y Top layer. Con esto evito que el autorouter me routee tracks top por encima de de los pads bottom, ademas lo "obligo" a que me ponga las vias fuera de los componentes.
4- Terminado el autoruteo, si todo esta bien, elijo la condicion IsTop and IsPad ( o algo asi, me tengo que fijar) con lo cual solo me quedan los pads free en Top layer. Los elijo y los deleteo.
Espero haya sido claro
Saludos, Alberto