Te explico y no te olvides que Proteus genera ficheros para producción industrial por fabricante de placas.
Cuando le mandas la información al fabricante de tarjetas, se le envía la información de varias capas. En una se le proporciona la plantilla de la máscara de cobre superior, en otra la máscara de soldadura superior, en otra la máscara de aislante superior, en otra los dibujos y rótulos de la capa superior, en otras tantas la información para la capa inferior, y más si hay capas intermedias. Además se le proporciona otras máscaras más, una con el borde o perfil de la tarjeta, otra con los mecanizados interiores, si los hay (ranuras, etc) y otra con los taladros.
Esto se hace así, porque el proceso de fabricación se realiza en distintas máquinas y etapas.
Cuando lo hacemos a mano, la única información que usamos es la capa de cobre inferior. No puedes rotular los componentes ni hacer sus marcas (las rayas se confundirían con las pistas), ni los agujeros.
Una vez hecha la capa de cobre, tienes que hacer los agujeros. Quizás gente con más experiencia que yo haciéndolo manualmente te puedan dar otra sugerencia. Habitualmente yo solo hago manualmente placas muy sencillas y el resto lo encargo al fabricante de placas.
Cuando lo hago manualmente, utilizo un papel cebolla con las marcas de taladro. Lo superpongo a mi placa y hago los taladros.
Quizás otros te den una solución mejor.
Un saludo.