Bueno, nuevas noticias. Si en la librería de esquemático test.schlib, en el panel de los componentes (SCH Library) das boton derecho y elijes "Select All" y luego otra vez boton derecho y elijes update schematics sheet, te dirá que actualiza 1 componente en 1 esquemático. Eso significa que lo que tienes en el esquemático no se corresponde a lo de la librería. Cuando le das ok, ya te funciona el magjack.
Luego el U1 está más revelde. Por ahora la única solucion que encontre es cargarle el Footprint a mano en el esquemático. Esto es, doble click, en footprint le das a edit y aquí algo rarisimo en la ventana que se abre (PCB Model) es como si no huviese ninguna librería de PCB instalada, por lo que lo único que te queda es elegir library path y buscar tu test.pcblib, luego elijes el footprint y ya te queda funcionando....
El problema es con los componentes existentes al momento de agregar uno nuevo... algo se rompe... creo que la solucion saldrá de ver como agregas el componente a la librería y lo mismo el footprint...
Saludos!