Le he dado mil vueltas, y creado desde cero varias veces un proyecto, y me sigue dando el dichoso error de pin no reconocido en componentes creados por mi.
Estoy usando la forma que desis que funciona, un archivo con el esquema, otro con la placa, y luego segun voy necesitando componentes que no están incluidos, o quiero personalizar, le pongo un .pcblib con el encapsulado y otro .schlib con el componente, sin compilarlos ni nada. Le doy a design-->update pcb, y lo hace bien, luego creo otro componente como he comentado, lo pongo en el esquema, y al actualizar el pcb me da el error.
Estoy usando la version winter 09, no sé si entendí bien la forma en que lo haceis vosotros.