No entiendo a donde queres llegar jfmateos2, creo que falto un poco de detalle cuando intentaste explicar el problema, o tal ves te equivocaste en explicar una de las reglas de diseño.
Crei, y al menos asumo que los demas tambien, que solamente tenias 2 entradas de tension, de 3.3V cada una, y no existia alguna otra. Pero ahora estamos hablando de tener un USB con 5V ( no se si es externo o tiene relacion con los de 3.3V).
Respecto a los circuitos, si no los entendi mal funcionan asi:
El primer circuito que pasaste esta incompleto lamentablemente, pero lo que parece es que la alimentacion ( Main 3.3V ) llega solo a algunos dispositivos tal como el DS1337 ( RTC ), En caso de una "alarma", usa la resistencia de 10K como pull-up ( ya que las salidas son open-colector ). Pullea todo a 0V (pin entrada micro + gate MOSFET) para que el MOSFET alimente a todo lo demas ( TS3200, entre otros ) imagino que esto es para un "wake-up", de esa forma se alimenta unicamente lo estricto y necesario ( el RTC ), en todo caso el micro puede mantener la salida a 0V y seguir conduciendo el MOSFET ( asi tiene alimentacion lo demas ). Lo de abajo ( U10 ) parece ser otra cosa que puede activar todo, es decir que no sea necesario la alarma del RTC sino que se pueda arrancar el sistema de otra forma.
El segundo circuito no tiene nada que ver, es un IC que controla la carga de la bateria, y la bateria alimenta el regulador. Seguro que la carga a 4.2V, ya que se alimenta con 5V, Cuando esta el USB, el MOSFET esta cortado y conduce a traves del diodo D2 que ademas es quien reduce la tension para el regulador, previene que la tension se vuelva a Vbus en caso que conduzca desde la bateria, y finalmente limita la tension del Vgs del MOSFET.
Igual que el tercer circuito.
Respecto al ultimo, no le veo sentido, por que si tenes "3.3V input B", que es una de las fuentes. Y de golpe el USB se va ( suponiendo una fuente externa y aparte )... entonces estarian conduciendo el MOSFET y es como si hubieras puesto 2 cables directo.
Ahora si la fuente de "3.3V input B" depende SI o SI de USB 5V, es decir que si no hay USB 5V no hay 3V3 input B, podrias usar un circuito parecido a los que pasaste antes, me refiero a el circuito 2 o 3. El problema de esto es que habias dicho:
La tensión de 3v3 que me entra no la puedo modificar.
Y estariamos ante la presencia de simplemente una fuente de 5V y una de 3,3V, pero no 2 de 3.3V como se planteo al comienzo.