El tema de la estructura jerárquica en Altium es así.
Primero se arranca con las unidades mas básicas o "hijos" de un esquemático.
Por ejemplo yo tengo un grupo de 6 salidas optoacopladas iguales. Entonces en una hoja hago ese circuito:

OUT.png(20.25 kB, 590x483 - visto 484 veces)En donde haya una conexion que deberá salir fuera de este esquemático ponemos un "Port" y le damos un nombre.
Luego creamos una hoja nueva en donde estarán las 6 repeticiones de dicho circuito, sería el Padre de ese esquemático. Puede haber repeticiones o no, en este caso hay y aprovecho a explicar eso.
En esa nueva hoja ponemos un Sheet Symbol. Le damos doble click encima y en el cuadro aparece elegimos el esquemático HIJO. En designator, ponemos un nombre o podemos poner la funcion REPEAT(X, Y, Z). Esto es para crear un diseño multichannel. Ver aquí:
http://techdocs.altium.com/display/ADOH/Multi-Channel+Design+Concepts Yo puse REPEAT(OUT, 1, 6)
Luego debemos poner dentro de ese SheetSymbol los Sheet Entry que son las conexiones de los PORT que pusimos en el esquemático hijo. Los nombres deben coincidir para evitar warning:

OUTs.png(116.96 kB, 1499x816 - visto 492 veces)Si en esta hoja ponemos nuevos PORT podremos crear un nuevo esquemático padre que contenga este y otros esquemáticos, haciendo la estructura jerárquica deseada. Los nombres de los NET se comparten en todas las hojas, por lo que si ponemos un Vcc en un hijo, se conecatrá a un Vcc de otro hijo o del padre. Las nets son PUBLICAS jeje.
Creo que eso es mas o menos el asunto.
Saludos!