La verdad que se me ocurren pocas cosas salvo que revises el condensador C5 (el de Vusb), si no pones el valor esacto (y quizas al montarlo en PCB te haya cambiado la capacitancia de las pistas... en comparacion con el PDIP que imagino tendras montado en protoboard).
Ese condensador tiene que ser de 220nF (+/-20%). Este te garantizo que si no pones esactamente esa capacidad NO funciona por que me ha pasado y me he vuelto loco hasta que me di cuenta que el condensador que puse se salía de capacidad por poco mas de 25%.
Y tambien habla en el datasheet de una resistencia de pull-up (la cual yo nunca he puesto pero nunca he usado TQFP) que va desde el pin D+ hasta el VUSB, debe ser de 1,5Kohm(+/-5%).
220 nF exactos me mide el capacímetro, por lo que eso está bien. De todas formas he probado con 100 nF, 1 uF, 10 uF, de todo.
En el PDIP funciona incluso sin ponerle condensador

El Pdip no está en un protoboard sino una placa de desarrollo que trae led´s, pulsadores, potenciómetros, max232 y de todo para practicar.
Tengo un adaptador hecho en placa pcb de TQFP a PDIP y lo mismo, puedo hacer con el tqfp en la placa de desarrollo lo que quiera, menos usar el usb.
Lo de al resistencia de 1,5K a VUSB en D+ lo acabo de probar y nada.
He leido los registros de configuración del modulo USB y los he mandado imprimir por usart para ver como quedan tras pasar las funciones usb_ini() y usb_cdc_ini(); y quedan configurados perfectamente, igual en el que funciona que en el que no lo hace.
Una cosa que si he observado ha sido que:
Si conecto el puerto usb al ordenador y doy alimentación al circuito estando el PDIP no hay problema, el programa arranca, el pc lo reconoce y todo en marcha.
Pero si lo hago con el tqfp el programa arranca, se queda colgado en la función usb_ini() y de ahí no pasa salvo que desconecte el cable del ordenador. Si lo desconecto sale de usb_ini() y sigue el programa, pero sin signos de vidas por D+ D-
Y lo que mas me mosquea es que he estado mirando varios foros y parece que hay bastante gente que le pasa lo mismo. Han prototipado en PDIP y proyectado en TQFP y se la han comido con papas, como me pasa a mi.