Hice unas pruebas sencillas con ambas librerías (también con libusb), el PIC reserva 64 bytes y los envía de regreso, considerando un ciclo de envío y recepción de 64 bytes, un programa en la PC ejecuta 1000 ciclos, esto lo ejecuté cinco veces.
Los tiempos resultantes fueron muy similares, en cuanto a tiempos de envío la librería de Microchip fué la más rápida, y la más lenta en recepción. De cualquier forma, en promedio, la de Microchip me dió mejores resultados.
Aclaro, fué una prueba muy sencilla, no exhaustiva, además, usé la anterior versión de la librería de Microchip, no la compatible con Vista.