bueno, ya hice la prueba...
vaya por delante que si mis conocimientos con el osciloscopio son penosos, del FFT es mejor no hablar

así que si meto la pata hasta el fondo ya sabéis porque es.
en mi caso selecciono en MATH la opción FFT y a continuación selecciono los cursores y le indico que use también FFT (puede ser uno de los canales o FFT), de esta forma los cursores hacen referencia al FFT en su medición.
para mostrar el resultado puedo hacerlo a pantalla completa o en dos pantallas. he seleccionado dos pantallas para mayor claridad, como se puede ver en la imagen:

como se puede ver en el FFT se muestran los cursores y al desplazarlos se indica en el recuadro superior derecho la frecuencia de su posición. además se indica también en los datos del FFT la relación frecuencia/división (en este ejemplo 250.0Khz/div).
estoy convencido de que en el tuyo tiene que ser posible también si no francamente no entendería que muestre FFT y no haya posibilidad de saber con que se corresponde.
un saludo