Yo creo que podemos hacer como en el caso del isis, el proyecto por fases.
Lo primero es que creas un perfil (layout) con las dimensiones de tu placa, los agujeros para anclarla a la caja y que coloques los elementos que deben ir fijos en determinadas posiciones por necesidades de la caja (por ejemplo el conector RJ45 tiene que estar en un borde, pero deberás elegir cuál, los leds deberán estar donde se puedan ver desde fuera, el interruptor lo mismo, etc). Y definir cuántas capas (ya has dicho que una) y generar la superficie de disipación unida a un determinado potencial (normalmente GND).
Una vez que tengamos eso hecho avanzaremos.
Un saludo.