¿Cual va a ser la fuente de alimentación?
Si alimentas desde la red (con la potencia que necesitas de 100 vatios imagino que así será) no necesitas trafo.
La tensión de red rectificada es de unos 300 voltios. A partir de esa tensión puedes poner dos transistores que conmuten entre + y - para que el doblador de tensión consiga los 3000 voltios que necesitas.
Para simularlo puedes utilizar un generador de señal cuadrada con 300 voltios de pico aplicados a una serie de condensadores y diodos que aumenten la tensión hasta 3000 voltios.
El problema está en definir la impedancia de la fuente. Si pones condensadores pequeños, la tensión bajará mucho cuando suministre corriente.
Un ejemplo podría ser: 13 etapas, 4200 voltios en vacío, 3000 voltios suministrando 35mA.
Utilizando condensadores más grandes puedes conseguir una fuente con menor impedancia, pero será más grande y cara.
Un ejemplo podría ser: 11 etapas, 3300 voltios en vacío, 3000 voltios suministrando 35mA
Con la simulación puedes llegar a un compromiso.
La frecuencia de conmutación también va a afectar al diseño. Cuanto mayor sea la frecuencia, más pequeños serán los condensadores necesarios.
El problema a altas frecuencias es que lás pérdidas por conmutación de los transistores se multiplican. Otra vez hay que llegar a un compromiso.
Saludos.