Para poder mostrar todas las tramas, al menos la velocidad del puerto serie deberia ser el doble que la del bus que estas leyendo.
En cambio estas leyendo a menos de 1/4 de esa velocidad, por lo tanto no es extraño que saltees tramas.
Respecto a las que lees por interrupcion, recuerda que si procesas toda la informacion dentro de la interrupcion, hasta que no sales no vuelve a activarse la misma, y segun que compilador utilizes, evitara la reentrada en la interrupcion hasta que salgas, ya que de otro modo seria un llamado recursivo que termina en un loop infinito y el pic resetearia antes por watchdog o se quedaria bobo si este no esta activo.