Lo de ver solo la pcb en 3D sin componentes...a mi tambien me pasaba, pero fue por error mio, por si os sirve de algo, os cuento qué me paso:
Yo hacia la placa y, para verla en 3D, me iba simplemente a "Switch to 3D" (creo que esa es la opcion, pero estoy en el trabajo y no puedo confirmar). Efectivamente, te pone una pcb azul en 3D... Pero si quieres verlo con componentes, has de abrir una nueva ventana, creo que se llama PCB3DView o algo asi, y en esa si puedes verlos.
No puedo confirmar que esto aparezca, pero en la web de Altium hay unos videotutoriales muy bien clasificados y organizados en los que un ingeniero te explica cómo hacer cada cosa (Eso si, acabareis hasta las narices del "Hi there! Marty here...").
Saludos!!