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Tienes que desplegar más las capas y separarlas, además hay unas nomenclaturas normalizadas para las extensiones de los archivos que suelen utilizarse. Yo uso dos ficheros CAM, uno cuando componentes y serigrafía está todo en una cara, y otro cuando puede haber alguno de los dos en ambas caras.
Luego cada uno se los personaliza según gustos, yo por ejemplo, en la impresión de la serigrafía, nunca pongo las referencias de los componentes, pero si sus valores. La capa dimensión la puedes poner solo en el archivo de las capas MIL (GML) o ponerlo en todas. Si panelizas tú, tendrás que decirle al chino en que fichero están las lineas de corte (V-cut), en mi caso de eso se encarga HQPCB, yo nunca genero los Gerber panelizados.
Mírate este enlace de Sparkfun, ahí también tienes un fichero CAM listo para usar, bastante bien definido.
https://learn.sparkfun.com/tutorials/using-eagle-board-layout/generating-gerbersEl fichero del taladrado, no se porque algunos lo definen con la extensión TXT (por ejemplo en el CAM que dan en Sparkfun), yo lo guardo siempre con la extensión .DRD
Lo que preguntas de la capa Bottom, yo no tengo seleccionado en ninguna el parámetro Mirror, en todas tengo los que se ven en las capturas que pongo a continuación, "pos.Coord" y "Optimize". No hace falta que cuadres la coordenada 0,0 que marca la cruz de Eagle con la placa, eso es solo para uso interno por ti, si lo encajas te resultará más cómodo calcular desplazamientos concretos de un componente a la hora de posicionarlo, pero todo eso no va a parar a ningún sitio en los Gerber.
Este lo uso para placas con componentes y serigrafía en una cara (casi todo lo que hago lleva serigrafía/componentes a una sola cara).
Y este con componentes y/o serigrafía en las dos caras (lo único que añade es la capa de serigrafía en el bottom).
