Creo recordar que para un flash son suficientes unos 300 voltios.
Esto se puede conseguir con un flyback sin demasiados problemas porque esa tensión la soportan muchos componentes.
Con 3000 voltios el problema cambia. No hay diodo que los resista. Necesitarás colocar varios diodos en serie y equilibrarlos con resistencias en paralelo a cada diodo.
En caso de utilizar un trafo, creo que es mejor utilizar una etapa con medio puente en H acoplada al primario del trafo. En el secundario necesitarás rectificar 3000 voltios con un puente hecho con varios diodos en serie.

En este caso puede que no necesites la bobina y condensador finales (depende de la carga)
Otra duda que me surge ahora ¿La fuente necesita entregar 3000 voltios con 35mA? ¿o con carga puede bajar la tensión?
Para alimentar lámparas fluorescentes es necesario producir picos de tensión muy altos para que se inicie el arco eléctrico. Una vez producido el arco, la tensión puede bajar a la tercera parte.
Saludos.