Planeta, no tienes que poner máscara entre pads: tienes que evitar que desaparezca jugando con el tamaño del pad y la apertura de su máscara. Si la máscara entre pads( ej.: 30micras) es muy fina el fabricante la elimina: no la fabrica porque sabe que se va a romper (pelar).
La máscara es aislante: cuando tienes máscara entre pads esta impide que se deposite estaño encima suya por lo que evita que los pads adyacentes entren en corto. Si no tienes máscara y tienes fibra (FR4) sin más (tu caso) esto no ocurre por lo que se producen más cortos. Evidentemente si pones muucha más pasta de la necesaria tedrás cortos igualmente aunque tengas máscara. Pero si tienes máscara y la cantidad justa de pasta te puedo asegurar que el estaño va a su sitio (pad y pin) y no tendras cortos o muuuuuy poquitos.
Un ejemplo:
Eso es un QFP de 100 pines con pitch the 400micras. Normalmente tu fabricante no te permitirá trazos de máscara menores de 80 micras y aperturas de máscara menores de 50-60 micras (en procesos más caros quizá 35 micras). La apertura es importante porque si la apertura es muy pequeña y la máscara no está centrada correctamente tendrás mucha apertura a un lado y nada al otro...
En mi ejemplo el pad (cobre) mide 200 micras, la apertura es de 60 micras (a cada lado del pad evidentemente) y la distancia entre pads es de 400 micras. Si restas tienes: 400 - 200 - 60*2 = 80 micras. Justo el trazo mínimo que te permite el fabricante.
Creo que te equivocas cogiendo los footprints que vienen por defecto: los hacen becarios
. Debería poner siempre el que te recomienda el datasheet. Haz las cuentas que te puse arriba y me dices si con 60 micras de apertura puedes conseguir 80 mínimo de trazo. Si no es así siempre puedes bajar un poco el tamaño del pad: lo he comentado muchas veces, es mil veces mejor que tu pin sobresalga del ancho de tu pad que quedarte sin máscara entre pads.
Eagle te tiene que dejar cambiar la apertura de la máscara. Lo tendrás que hacer desde donde se construyen los footprints. Algo así como "override solder mask expansion from rules". Si no te cogerá la que tengas en tus rules por defecto (supongo que 100micras o 4mil). Lo mismo con la máscara de soldadura.
Saludos!