Te contesto a tus argumentos:
1º) Respecto de los leds, entendido.
2º) Respecto de los cristales de cuarzo lo normal es que un mismo micro funcione siempre a la misma frecuencia y solo en muy contadas ocasiones se cambia su frecuencia de funcionamiento. Por ejemplo si tenemos un 16F876 a 20 MHz yo lo dejaré así y solo si tengo que probar algo muy especial cambiaré el cristal a 4 MHz. De todas formas si es necesario se puede desoldar el cristal de la placa del micro y poner el otro. El caso contrario es mas corriente, si pasamos de un 16F o un 18F a un dsPic tendremos que cambiar el cristal para trabajar de 20 MHz a 48 MHz (creo). También se te olvida que no solo hay que cambiar el cristal, si no que en muchos casos también habrá que cambiar los condensadores. Por último comentarte que poner un cristal sobre unos pines torneados, dado que trabajan a una frecuencia muy alta podrian dar serios problemas de falsos contactos y microfonía, por todo ello yo
sugiero que se ponga en la placa del micro.
3º) Respecto del ICSP si tenemos grabadores que pueden grabar por este medio tanto PIC como ATMEL, deberiamos de estudiarlos y ver que tipo de conector usan. Yo creo que si es posible poner un sólo conector que reciba todas las señales y despues subir a la placa del micro las que sean necesarias.
4º) El número de pines fué un lapsus mio, y donde dije 40 pines quise decir 100 o 110 como tu muy bien dices. Pero con esto lo que quiero decir es que en la placa base no tiene que haber mas pines que estos, con lo cual no entiendo que hace un zocalo de 40 pines (de ahí mi confusión con el nº de patillas), en mitad de los 100 0 110 pines. Curiosamente despues tienes realizado una placa para un pic de 40 patillas.
Me alegro que seas una persona con la cual se pueda discutir este tipo de cuestiones

, en ningun caso he querido molestarte, ni polemizar sobre el tema, solo que tengamos un sistema que realmente sea versatil y nos sirva para un gran número de micros y de circuitos.
Un saludo