Samshield, más que poner un switch para conmutar entre 5V y 3,3V, y puesto que pretendemos que la placa sea universal, yo haría que por uno o más pines subieran 5V y por uno o más pines subieran 3,3V. En la placa del micro cada uno cogería el que le interesara.
Y para generar los 3,3V fácilmente desde la placa base lo tenemos a huevo; o bien lo hacemos con LM317 y un par de resistencias, o pedimos samples a Microchip de su regulador de 3,3V prefijados.