Yo uso esots fuses: USBDIV,PLL5,CPUDIV1
Paso de 20MHz a 4MHz con PLL5, que al inyectarlos en el PLL (x12) se convierten en 96MHz.
Estos 96MHz, por un lado, los divido entre dos mediante USBDIV para el USB, y por otro lado los divido también entre dos mediante CPUDIV1 consiguiendo que las instrucciones del programa se ejecuten también a 48MHz.
Al menos esto es lo que yo entendí con la explicación de RedPIC. Si se pasa por aquí quizás pueda aclarárnoslo.