Hola micro_pepe,
D36 entiendo que si elimina la acción de apagar la fuente, que hago, ¿dejo esos dos componentes?
No, solo coloca la resistencia a masa para que elimine la posibilidad de autoscilación del comparador. El diodo D36 lo eliminas para evitar posible problemas futuros, aparte si la fuente ya funcionó correctamente sin dicho diodo, pues mejor.
Pues en una ocasión reparé la electrónica de una bici electrica que funciona a 36v, puede que no vuelva a usar ese voltaje, pero como el trafo era grande, pense en darle 40v.
Me parece perfecto, mejor prevenir que curar

Las espiras fueron 19+19 (las mismas que el bobinado original) en el primario, y 17+17 en el secundario (el bobinado original tenia 7+7 para la salida de 12v), las primeras de hilo doble de 0.6mm y las segundas triple de la misma sección.
Perfecto, reforzaste el secundario, lo cual viene muy bien.
Otra cosa, en la modificación de la fuente he eliminado los condensadores que van a tierra en el primario, y aislado la masa de tierra en el secundario, con esto ¿dejamos la fuente sin protección ante una derivación de las espiras del primario con el secundarío?
En mis reformas, sin dudas e eliminado los condensadores a tierra del primario.
Para el secundario e aislado el GND de la placa del chasis del equipo, pero si e conectado al chasis del equipo el negativo del teminal de salida.
Esto es para que el propio chasis esté referenciado con el negativo del terminal de salida y no con el GND de la placa. Si no hacía esto, en la presencia de un corto entre el negativo de salida y el chasis, pues el shunt se "puenteaba" y la medida de corriente se elimina.
Como yo lo e conectado, no hay posibilidades de corto y anular el circuito de corriente.
En el caso de un corto entre primario y secundario, la fuente queda igualmente conectada a tierra porque el propio gabinete lo está, pero en este caso la tensión de red descargaría a GND de la placa y por medio del shunt al chasis y a tierra. Por lo tanto la protección existe.
Espero haber sido claro, por ahí es un poco complicado de entender.
Un saludo.
Atte. CARLOS.