Yo también me quiero sumar a las felicitaciones. Enhorabuena Esteban!!!
Mira, yo estoy con lo que te comenta marcelo, veo que el eje Z tiene demasiado recorrido. Hay parte que no es aprovechable.
En cuanto a lo del cabeceo... algo así me ocurre a mí también. Te comento...
Las guias de mi eje Y, el que soporta el Z, son las más gruesas que he usado en la fresadora, de 15mm, y aunque suene a coña, se doblan. Como dijo Arquímedes, "dame un punto de apoyo y moveré la tierra". En mi caso, dame una fresa en pleno trabajo, una guia de apoyo y doblaré la otra, jejejeje

Pues sí, sin hacer excesiva presión hacia adentro o hacia afuera en el extremo de la fresa (la parte que entra en contacto con el material a fresar), la guia más alejada, osea, la que queda más alta del eje Y se dobla. Y esto durante el fresado por tanto, crea vibración, que es la única holgura, o al menos la única que yo creo significativa, en mi máquina.
Quizás te esté ocurriendo eso también a tí.
Solución, la que tú comentas. Cuanto más alejadas menos influye esto. Otra solución, así pensando, sería alejar la guía más cercana a la fresa, osea, la de abajo, hacia atrás. Creo que así también se corregiría un poco este error, creo...
Enhorabuena de nuevo!!!