simplemente pegas los componentes de una etapa, en una zona del schematics y luego repites con la otra etapa, luego cuando uses la alimentación, usa conectores de diferentes nombre, o vdd y gnd distintos (hay bastante gnd´s distintos en las librerias del eagle)
cuando te pases al board, usa rectangulos de la capa dimension para encerrar las etapas, yo lo he hecho así para utilizar al máximo una baquelita.